在欧洲蛋白质组学协会的第十二届年度大会上，布鲁克宣布了使用Timstof Pro质谱仪的高通量4D蛋白质组学的进一步进展。

此外，正在引入新的完整蛋白质分析和下一代4D代谢组学工作流程，它们都在相同的，非常灵活的timstof Pro平台上可用。

Timstof Pro提供的速度，敏感性和鲁棒性的非凡进步引起了蛋白质组学社区的极大兴趣。迄今为止所做的所有工作均已使用数据依赖分析（DDA）和与德国Martinsried的Max Planck Biochemistry的Max Planck Mann教授合作开发的创新平行累积序列分裂（PASEF）方法。

在DDAPASEF中，基于获得的“移动性质量热图”，实时选择了单个乘电荷肽。即使使用TIMSTOF PRO的高> 100 Hz MS/MS速度，也并非所有肽都可以用于MS/MS识别。由于数据从样品到样品的生物学变化，因此在所有运行中可能并非靶向相同的肽，因此在执行定量蛋白质组学时会导致所谓的“缺失价值问题”。

数据独立分析（DIA）是使用宽选择窗口的大多数肽的替代方法，而不是在DDA中选择单个肽。多年来，布鲁克（Bruker）一直与Matthias Mann教授的实验室合作开发了蛋白质组学的Timstof Pro。最近，他们与Zuerich的ETH的Ruedi Aebersold教授和Ben Collins博士合作，以及多伦多大学的Hannes Roest教授，在Timstof Pro上开发了一种新颖的DIA技术，称为Diapasef。已证明TIMSTOF PRO的速度和灵敏度可改善DIA库的生成吞吐量和更好的结果，并在DIA实验中承诺更全面的蛋白质组覆盖率。Eupasef的进一步进展将在EUPA 2019上提出。

马蒂亚斯·曼恩（Matthias Mann）教授说：“ Timstof Pro提供了非常高的MS/MS速度，动态范围和离子移动性分离的附加第四维。由于其双TIMS前端，使用我们的Pasef方法进行操作时，TimStof Pro还非常有效地使用离子，其占空比近100％以达到最高灵敏度。离子迁移率分离提供了准确且高度可重现的碰撞横截面（CCS）值，可在数据处理和分析软件中具有附加的对齐和特征匹配的尺寸。带有OpenSwath分析软件的新的Diupasef方法利用这些属性提供了一种下一代DIA方法，并具有出色的生物样品中蛋白质覆盖范围，并且具有出色的定量性能。我们对Diapasef的工作感到非常兴奋，我们期待与我们的学术合作者和布鲁克继续合作。”

罗汉·塔库尔（Rohan Thakur）博士和布鲁克（Bruker）生命科学质谱法执行副总裁进一步评论：“借助DDAPASEF和DIAPASEF Workflows，Timstof Pro代表了强大的超高灵敏度和高高的敏感性和高级敏感性和高级进步。吞吐量定量蛋白质组学。其独特的4D Nanolc-TIMS-MS-MS-MS分析能力具有超高的敏感性和速度，这是由于其独特的时间关注的优势在双重TIMS技术和突破性的Pasef方法中固有的优势。此外，我们最近证明，Timstof Pro也是使用适当的LC分离的生物制药应用完整蛋白质分析的绝佳系统，但所有这些系统都在完全相同的质谱仪上。

Thakur博士继续说：“除了4D蛋白质组学之外，我们现在还引入了小说的4D工作流程，这些工作流程可能会彻底改变下一代脂肪组学和代谢组学。这两种现象学方法都可以从每个已知和未知化合物中的附加，大规模和准确的CCS信息中受益匪浅。我们感到非常高兴的是，杰里米·尼科尔森（Jeremy Nicholson）教授将在默多克大学（Murdoch University）和澳大利亚国家现象中心（Australian National Fehome Center）的新的世界一流现象实验室的Timstof Pro平台上探索并进一步开发新颖的4D现象方法。

Bruker先前曾在HUPO 2018上使用代谢软件引入了4D脂质组学的TIMSTOF PRO。这种组合可以使用CCSPredict™算法使用机器学习的大多数机器学习来实现分子特异性和准确的碰撞横截面预测。

在Bruker在美国HUPO 2019上宣布以下新的基于Timstof®Pro的解决方案和功能之后，在EUPA 2019上引入的其他创新仅在三个星期之后。

-高通量临床血浆蛋白质组学研究：192个在2天内测量的败血性休克患者的血浆样品耗尽，使用Evosep One HPLC系统11.5分钟，仅100 ng/run

-增强的蛋白质组学数据完整性：具有大尺度CCS值的最大“匹配中间人”，可显着改善肽和蛋白质数据的完整性

-生物制剂的宿主细胞蛋白（HCP）分析：蛋白质指标为生物制药公司的Byonic 4D数据库搜索引擎添加了大规模，准确的CCS。

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关于pasef的timstof pro

专有的TIMSTOF PRO系统使用Pasef，通过捕获的离子移动光谱法（TIMS）启用了Pasef，为shot弹枪蛋白质组学提供行业领先的数据采集速度。Timstof Pro的唯一双TIMS几何形状，结合了TIMS设备中离子数据包的时间聚焦，这意味着Pasef提供的速度优势同时改善了灵敏度和定量。All of these gains in speed, sensitivity and quantitation maintain the advantages of Bruker’s high-performance QTOF mass spectrometers, including high mass resolution (resolving power of 50,000 FWHM even at highest data acquisition rates) in MS and MS/MS mode, ppm accurate mass, and high isotopic fidelity (True Isotopic Pattern, or TIPTM). The robust timsTOF Pro with PASEF gives scientists the tools to dig deeper into the complex cellular machinery with the potential to discover low-level, biologically significant peptides or proteins, or validate them in translational proteomics research.

关于布鲁克公司

布鲁克（Bruker）使科学家能够做出突破性的发现，并开发新的应用，以改善人类生活的质量。布鲁克的高性能科学仪器以及高价值分析和诊断解决方案使科学家能够在分子，细胞和微观水平上探索生活和材料。与我们的客户密切合作，布鲁克正在实现创新，提高生产力和客户在生命科学，应用和药物应用，显微镜和纳米分析以及工业应用以及细胞生物学，临床图，临床成像，临床成像，临床成像中的生产和药物应用方面的成功。现象学和蛋白质组学研究与临床微生物学。