月度通讯

timsTOF表示下一代离子运动质谱表

单细胞研究无偏深度单细胞4D-ProteomicsTM补充scRNAseqMann等编写突破论文单细胞识别并量化大于1 400蛋白质子素支持液体生物心理学多义研究,综合基因组学与蛋白学和子宫分解学确定二百纳克上六千蛋白质学/六万分之三百三十分之二新PASER实时4D-Protecocs软件可视化MOMA辅助CCS分离共生或异粒化分片GPUDE新粒子测序增强免疫机能学小说TIMScoreTM提高百度识别码和蛋白质数的信心

Bruker虚拟4D-ProteomicsTMexed专题讨论会上BrukerCorporation宣布启动两个新timsTOF工具深入多语组生物标志发现,例如癌症液态生物检测研究中,它们进一步推动并启用新应用方法与方法,不偏分分子组学/PTM特征描述和不偏分多语组生物标志发现布鲁克协作者正在无偏单细胞分解学、磷分解学和等离子分解学方面取得重大进展,利用大规模CCS驱动4D分解学和4D分解学速度、灵敏度和动态范围

2020年底,曼集团的一份突破论文展示了1 400多个蛋白组的不偏真单细胞质组timTOF研发原型解决单细胞生物和病理学新量化问题

自2017年引入以来,timsTOFPro系统向研究人员提供无偏4D-Proteomics新能力,典型为5x20x低采量并用3x5x快速运行单片机速流时间-高吞并前所未有强健性

下一代timsTOFPro2推介后,Bruker继续CCS驱动4D-Proteomics和4D-Epotrotics革命,这里广义地定义为所有蛋白变换描述timsTOFPro2提供深度蛋白质覆盖大于6,000类和>60,000单薄度分解二百纳克Hela文摘高深度蛋白和子宫覆盖率低10倍,例如20纳克文摘物上粒子约4 000蛋白和粒子约3万杰出timstoFPro2敏感度大大增强检测后翻译模型方法,如磷质组学和全位化研究,面向CCS驱动型、非偏向型、大规模4D-Epiteomics,这在生理学、细胞生物学和疾病生物学中非常重要,特别是在癌症中。

Bruker还宣布PASER实时搜索软件4D-Proteomics新能力新的PASER 2022提供大规模CCS辅助生物信息学,利用独特tims/PASEF方法举例说,新的TIMScoreTM通过在所有测量粒子上利用大规模碰撞交叉段第四维提高pitideID的信心CCS提高信任度减少冗余pitide序列模糊性-结果产生更多蛋白类和唯一pitide识别值基于相同的FDR阈值

弗兰克HLaukien董事长兼CEO表示:「我相信timsTOFSCP是一个革命性新工具,未来单细胞生物学基础研究与病理生成将大大获益于基因表达法中“双目开明”,方法为多语义生物标牌板合并定型学与不偏向性、深度和量化蛋组学和上分义学数据并发。”

博士Laukien继续写道:“液生物圈中,临床需求未得到满足,需要提高癌症阶段I/II敏感度,提高正预测值,并提前检测抗药性癌症细胞基因组学和子元组学综合多语组学习中, 以及宿主免疫响应和肿瘤微环境学中,

A.timsTOF真SCP启动

TimsTOFSCP是与德国Martinsried马克斯Planck生物化学学院Matthias Mann教授实验室和Evosep以极低流率~100nl/min与Wipser新法协作的顶点

TimsTOFSCP实现5倍高离子传输数据独立Dia-PASEF或并行响应监控prem-PASEF方法dia-PASEF2方法展示出单细胞真实、无偏4D-Protescripts1和数以百计单细胞异地量化y1500蛋白/CeTimsTOFSCP是专用超高灵敏工具,用于不偏单细胞分解后提取一或数细胞微分解,并用于免疫生态学研究领域超敏感新抗原发现使用timsTOFSCP系统,现可扩展单细胞生物界范围,超出基因组学和数组学范围,实现量化4D-Proteomics

量化生物学现在也可以用不偏单细胞分解法完成,因为在生长周期的不同阶段细胞有蛋白核心,并有足够的拷贝数观察丰度统计相关变化,而MRNA拷贝数则稀疏

Matthias Mann教授评论道:“我常说单细胞分解学在我的一生中不会发生,单细胞技术使生物学发生革命性变化,但如今主要限于成像和深度排序蛋白质是细胞函数主驱动器,使用timsTOFSCP等工具对单细胞进行质谱学分解将高度互为补充实验室对与Bruker协作感到非常高兴, 并祝贺Bruker团队 快速商业化小说timsTOFSCP技术

.b.下一代timstoFPro2启动

TimstoFPro2是新蛋组工作马,以获取强健、不偏差、深度量化4D-Proteomics和4D-Eprotecs等等离子体、组织样本和细胞培养进一步设计前台加增强dda-PASEF、Dia-PASEF和prm-PASEF方法提供行业引导性能,并具有无与伦比的强健性能和吞吐量timsTOFPro2允许检测大于6,000蛋白质和>60,000pitidesdda-PASEF使用二百纳克二百分百梯度60分高敏感度新法还使超3500蛋白类和超25,000单片使用30分钟梯度

dia-PASEFp工作流timsTOFPro2中包括改进界面设计实验,现在可以识别到~8,000蛋白类和70,000粒分解二百纳克二百分解

TimsTOFPro2性能提高对4D-Eproteomics, 特别是磷质组很重要phrylation信号关键并常误控癌症和其他疾病磷化物分析前得到丰富,研究者往往从几毫克生物素开始分离足够量的磷化物分析Stefan Tenz教授在Johannes-Gutenberg大学医学中心用timsTOFPro2显示,现在有可能从150微克蛋白质开始识别27768独特磷化物具体地说,457相排位置磷化异构体通过TIMS和PASEF组合解决即便有25微克蛋白质,4 400磷化物仍可复制识别,为针切生物学磷分解铺路

Tenzer教授表示:“除了高度敏感外,TIMS技术的一个独特方面是它通过离子运动解决气相定位磷化异构体的能力,从而对信号路径提供更详细的洞察力。”
感知性在免疫机能学中绝对关键,瑞典斯德哥尔摩Karolinska学院肿瘤笔迹学系科学生命实验室Janne Lehtiö教授补充道 :“我们对timsTOFPro的性能印象深刻特别是速度敏感度能让我们从有限起始素中看到更多免疫素,我们期望这些素能对新抗原发现和开发个性化癌症免疫神经学处理方法特别有价值。”

C.新建PASER能力

PaSER 2022新功能包括:MOMAViewer实时即时换分序和TIMScoreTM对无偏4D-Proteomics除搜索RunDone外

Sebastian Vaca博士研究实验室MIT和哈佛博学院解释道:“PASER对timsTOFPro的实时结果是一个巨大的时间保存器并大增蛋白质组学和PTM研究效率

PASER现在拥有MOMA(运动偏移质量对齐)查看器,通过大规模CCS对共排异构或异波离子特征定性GPU搜索扩展为免疫蛋白学与Tony Purcell教授和生物信息解决方案公司合作,即能实时反新序分配提供新发现新能力

PaSER 2022归并新数据库搜索算法TIMScorTM,与John Yates教授开发并受机器学习驱动TIMScore成为第一个基本CCS驱动数据库搜索算法,增加蛋白质和粒子识别数,同时保持FDR控件和实时搜索速度

^一号.https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.22.423933v1
².DiaPASEF:并行累积-串行分解并存数据MeierF、BrunnerAD、FrankM、HaA、BludauI、VoytikE、Kaspar-SchonefeldS、LubeckM、RaetherO、BacheN、AebersoldR、CollinsB、RostHLM、MannM2020年12月17日1229-1236doi: 10.1038/s41592-020-00998-0.Epub202011月30日PMID:33257825

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